交通控制中心内设有区域交通控制中心、紧急事故交通协调中心及交通管制及监察系统中心。

交通控制中心由运输署人员值勤，监察交通及运输情况。区域交通控制中心实时监察交通情况，并因应交通情况即时调整交通灯的灯号时间，尤其用以纾缓重大交通事故所引致的交通挤塞。紧急事故交通协调中心向公众发放交通及事故资讯，会在紧急情况及会带来重大交通影响的大型活动期间，协调不同政府部门和公共交通营办商所采取的行动，以确保交通畅顺并采取适当的纾缓措施。交通管制及监察系统中心操作安装在主要公路和桥樑而不设实地控制中心的交通管制及监察系统，以协助监察和因应道路情况控制交通。